Компания ISPsystem в панелях ISPmanager начиная с версии 5.51 выпустила новую версию бэкапов.
Называются ISPtar.
Сюда буду писать интересные фичи и ошибки.

Бэкап обного пользователя

ISPmanager 5 Lite
sbin/backup2 имя_пользователя

ISPmanager 5 Business
sbin/backup2_pro имя_пользователя

Если бэкап за сегодня есть а потестить надо, то указываем фэйковую дату:
bin/backup2_pro    user  --date 2016-04-01

Ошибка:
backup ERROR isptar finished with error 1. Output: No header found
Проблема в бинарнике ISPtar? бэкапим старый, ставим новый:
Можно командой
Centos 6 Centos 7
Debinan 7 Debian 8
wget -O /usr/local/mgr5/sbin/isptar http://sis-admin.su/wp-content/uploads/2016/01/ваша_версия_tar

Распаковка бэкапов вручную

Переходим в папку с бэкапом:

/usr/local/mgr5/sbin/isptar -x F2016-10-18.user.tgz data/www/dipris.ru/ -R /var/www/user/site.ru

Где

F2016-10-18.user.tgz — название бэкапа, берётся из файла F2016-10-18.user.tgz.part1 Такого файла нет.

data/www/dipris.ru/ — Файлы какого сайта необходимо восстановить

/var/www/user/site.ru — Куда восстановить данные

Базы лежат в папке .system/

Пример распаковки базы base:

/usr/local/mgr5/sbin/isptar -x F2016-10-18.user.tgz .system/db.mysql.base -R /var/www/user/site.ru

Полная документация разработчика