У меня в папке с сайтом имеются файлы с кириллицей и когда я открываю листинг директории, то у меня отображается не верная кодировка папки.

Мне помогло прописать в конфиг apache в виртуалхост сайта строку:

IndexOptions FancyIndexing VersionSort NameWidth=* HTMLTable Charset=UTF-8