Делал бэкапы с помощью панели ISPmanager 5. В итоге у меня получилось куча файлов маленького размера и расширения dar.
И как я восстанавливал из бэкапа вручную.
Ставим Dar и Dar_manager
apt-get install dar

Создаем пустую базу с именем index в текущем каталоге
dar_manager -Q -v -C index

Добавляем архивы в базу данных
dar_manager -v -Q -B index -A /var/backup/2015-11-14.'ваш пользователь'

Будет вывод примерно таким:
Decompressing and loading database to memory...
Reading catalogue of the archive to add...
Opening the archive using the multi-slice abstraction layer...
Reading the archive header...
Opening construction layer...
Considering cyphering layer...
No cyphering layer opened, adding cache layer for performance
Opening escape sequence abstraction layer...
Opening the compression layer...
All layers have been created successfully
Locating archive contents...
Reading archive contents...
Updating database with catalogue...
Checking date ordering of files between archive...
Compressing and writing back database to file..

Распаковываем всё в текущий каталог
dar_manager -v -Q -B index -r *