Очень часто бывает, что после включения SSL сертификата в панели он не активируется должным образом.
В SSL-сертификатах в «Let’s Encrypt Журнал» висит одно сообщения уже вечность.
Процесс получения сертификата начат
Чтобы узнать в чём причина нам надо увеличит подробность логов ISPmanager—-Настройка логирования

А именно увеличиваем:
Удалённые запросы к панели (core.rpc)
ISPmanager — SSL-сертификаты (ispmgr.sslcert)

Делаем killall core и смотрим что пишется в /usr/local/mgr5/var/ispmgr.log

Тут вы сможете увидеть подробный вывод какие запросы приходят от Let’s Encrypt и какие ошибки он получает.

Наиболее частые ошибки

ERROR value(domain): The ‘Domain name’ field has invalid value. Enter a second-level domain or higher
Значит что Let’s Encrypt не поддерживает этот домен, у меня потому что домен был на кирилице.

DNS problem: NXDOMAIN looking up A for
У домена есть псевдоним для которого не прописана А запись.